Los Canelés se originaron a principios del siglo XVI en el convento de Annonciades en Bordeaux. Las monjas los elaboraban para repartirlos entre los pobres, utilizando trigo recuperado de los muelles y yemas de huevo donadas por las bodegas del Quai des Chartrons. Además, agregaban ron y vainilla de la isla a su receta.

Tras la Revolución Francesa en 1789, las monjas fueron expulsadas de su convento, pero lograron transmitir la receta. La tradición continuó con la gente que fabricaba los Canelés en los muelles, poniendo directamente los moldes sobre las brasas. Sin embargo, la moda del Canelé fue casi olvidada durante el levantamiento revolucionario, y este pequeño postre perduró sólo en unas pocas mesas burguesas de Bordeaux.

En los años 1980, el Canelé fue revisado y corregido por un grupo de profesionales, y encontró su lugar en la pastelería y en el corazón de los bordeleses. En 1985, se creó la "confrérie du cannelé de Bordeaux" con el objetivo de promocionar esta pastelería y se decidió escribir Canelé con una sola "N", para diferenciarlo de la palabra y marcar su especificidad en Bordeaux.

No fue hasta principios del siglo XX que los maestros reposteros tomaron la receta y la perfeccionaron, situando al Canelé en un lugar destacado en la repostería de alta calidad de Bordeaux, convirtiéndo así en un emblema de la ciudad. 

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